Wyrazem buntu młodzieży polskiej przeciw germanizacji i cenzurowaniu kultury polskiej było tworzenie na przełomie XIX i XX w. tajnych kół samokształceniowych. 
Tradycja tajnych związków uczniowskich i studenckich wywiodła się z Niemiec, gdzie – jak podaje J. Szews – w epoce napoleońskiej organizacje młodzieży “walczyły o zniesienie przywilejów stanowych, domagały się przyznania praw ludowi, wolności słowa i wolności badań naukowych, zniesienia władzy absolutnej i zjednoczenia Niemiec. Do Wiosny Ludów reprezentowały dążenia liberalno-demokratyczne. Później jednak, a szczególnie po 1871 r., przekształciły się w konserwatywne korporacje (...) Naczelnym hasłem wszystkich korporacji niemieckich stało się: wierność dla cesarza, króla i dynastii, tym więcej, że sami dynaści bywali ich członkami”. W drugiej połowie XIX w. szeroko rozwinął się ruch burszenszaftów, których członkowie programowo występowali przeciwko konwenansom społecznym: łamali regulaminy szkolne, solidarnie występowali przeciwko nauczycielom, pili alkohol, palili papierosy.
Pierwsze polskie związki studenckie powstały na uniwersytetach. Już w 1817 r. działała “Polonia” we Wrocławiu, w 1818 r. – w Berlinie. Do 1886 r. polskie stowarzyszenia akademickie mogły istnieć jawnie. Na zorganizowany w 1885 r. zjazd działaczy w Gnieźnie przybyło ok. 100 delegatów. W 1886 r. władze wydały zakaz działalności polskich stowarzyszeń studenckich.
Emisariusze akademiccy byli promotorami tajnych związków młodzieży polskiej w gimnazjach. Delegaci “Polonii” i innych związków Uniwersytetu Wrocławskiego w latach trzydziestych XIX w. przyczynili się do powstania organizacji gimnazjalistów w Chojnicach. Na terenie Wielkiego Księstwa Poznańskiego w latach 1840-1850 rozpoczęły działalność tajne koła samokształceniowe w Poznaniu, Lesznie, Krotoszynie i Trzemesznie. W drugiej połowie XIX w. zorganizowały się koła w Bydgoszczy, Gnieźnie, Inowrocławiu, Kcyni, Nakle, Ostrowie Wielkopolskim, Rogoźnie, Szamotułach, Śremie, Wągrowcu i Wschowie. W końcu XIX wieku – koła w Czarnkowie, Kępnie, Międzyrzeczu, Pile, Pleszewie i Rawiczu. Ogółem w tajnych związkach wielkopolskich działało co najmniej 2300 członków. 
Filomaci na tajnych spotkaniach pogłębiali znajomość języka ojczystego, poznawali rodzimą historię i literaturę, organizowali wycieczki do Galicji, na początku XX w. tworzyli drużyny harcerskie, prowadzili edukację wojskową. 
W drugiej połowie XIX w. rozpoczął się proces integracji kół filomackich w zaborze pruskim. 19 lutego 1860r. w Poznaniu odbył się pierwszy zjazd zjednoczeniowy przedstawicieli oddziałów z Poznania (“Kościuszko), Trzemeszna (“Zan”), Leszna (“Krakus”), Ostrowa Wielkopolskiego (“ Zawisza”) oraz Głogowa (“Chrobry”). Powstał Komitet Towarzystwa Narodowego, kierujący pracą kół do dekonspiracji w listopadzie 1862 r. Rozbicie Komitetu na krótko wstrzymało związkowe działania zjednoczeniowe. W 1877 r. w Gnieźnie połączyły swoją pracę koła z Poznania, Inowrocławia i Gniezna. W następnych dwóch latach odbyły się zjazdy w Poznaniu i Inowrocławiu. 
W 1897 r. na zjazd w Bydgoszczy przybyli delegaci kół z prowincji poznańskiej oraz z Pomorza Gdańskiego. W tym okresie filomaci mieli już wypracowane zasady działalności konspiracyjnej: staranny dobór kandydatów, używanie pseudonimów zamiast nazwisk, łączenie treści narodowych i praktyk religijnych, przestrzeganie statutu wewnętrznego. 
W 1866 r. z inicjatywy Zygmunta Balickiego powstał akademicki Związek Młodzieży Polskiej “Zet”, ściśle związany z Ligą Polską – od 1893 r. przemianowaną na Ligę Narodową. Celem “Zetu” było przygotowanie przyszłej polskiej kadry politycznej. Realizując zamysł patriotycznego kształcenia młodzieży szkolnej, “Zet” podjął próbę połączenia kół gimnazjalnych. W tym celu w 1896 r. utworzono Związek Kół Gimnazjalnych, który działał przez 3 lata. W lipcu 1896 r. podległy “Zetowi” Związek Akademików Polskich w Niemczech “Unitas” zorganizował w Poznaniu zjazd delegatów kół samokształceniowych z Wielkopolski. Na zjeździe tym powołano do życia “Czerwoną Różę”, “nadrzędną organizację dla wszystkich kół gimnazjalnych i koordynującą ich pracę.”
Drugi zjazd “Czerwonej Róży” odbył się w grudniu 1899 r. w Poznaniu. Przyjęto uchwałę nakazującą kołom odbycie po jednej lekcji historii i geografii tygodniowo, abonament pism “Teka”, “Przegląd Wielkopolski” i “Polak”, wprowadzenie kary pieniężnej za używanie germanizmów podczas zebrań. Wszyscy członkowie otrzymali nakaz uczęszczania na gimnazjalne lekcje języka polskiego oraz obowiązek pisania prac pisemnych na tematy podane przez prezesów kół. Opracowano zarys programu dwuipółletniego tajnego kursu, obejmującego historię Polski i dzieje literatury ojczystej ze szczególnym podkreśleniem okresu porozbiorowego.
W 1900 r. “Czerwona Róża” skupiła koła z Białogardu, Brodnicy, Bydgoszczy, Chełmna, Chojnic, Gniezna, Krotoszyna, Leszna, Nakła, Ostrowa Wielkopolskiego, Poznania, Rogoźna, Śremu, Wągrowca, Torunia. W 1901 r. władze pruskie wykryły ją i wytoczyły procesy filomatom (9-12 września w Toruniu) oraz akademikom (4-9 listopada w Poznaniu).
W 1902 r. na Pomorzu i w Wielkopolsce działało około 30 kół filomackich. Miejsce “Czerwonej Róży” zajął PET – ogólnopolska organizacja młodzieżowa “Przyszłość”. “Petowcy czytali i dyskutowali takie dzieła Teodora Tomasza Jeża-Miłkowskiego Rzecz o obronie czynnej i skarbie narodowym, Stanisława Szczepańskiego Idea Polski, Romana Dmowskiego Myśli nowoczesnego Polaka, Zygmunta Balickiego Egoizm narodowy, Stanisława Brzozowskiego Legenda Młodej Polski. PET, przygotowując młodzież do przyszłej walki zbrojnej, bardzo silnie propagował ideę narodową oraz wyrabiał siłę charakterów.
W 1908 r. wszystkie podległe ZET-owi towarzystwa akademickie połączono w Związek Grup Narodowych. Organ ZWN-u, Dyrekcja Gimnazjalna (zwana także Komisją Gimnazjalną), roztoczyła opiekę organizacyjną nad kołami gimnazjalnymi, rozpoczęła tworzenie tajnego harcerstwa i drużyn strzeleckich.
W latach 1910-1913 ZET odszedł od ścisłej współpracy z narodową demokracją i przebudował swoje struktury. Wszystkie podległe mu koła samokształceniowe, na wzór koła gnieźnieńskiego przyjęły nazwę Towarzystwa Tomasza Zana. Pracę TTZ-u regulował przyjęty w 1913 r. statut [patrz: załącznik 1.4 Statuty Towarzystwa Tomasza Zana].
TTZ, zwyczajowo określany mianem koła samokształceniowego, w rzeczywistości był elitarną organizacją młodzieżową z ambitnymi celami, silną strukturą i udoskonalonymi przez lata doświadczeń formami działalności merytorycznej oraz konspiracyjnej. Młodzieży wpajano “zasady żołnierza polskiego”, aby w przyszłości ofiarnie stanęła “do świętej walki orężnej o niepodległość Polski”. Kandydat na członka TTZ-u składał przysięgę: “(...) wstępując do organizacji Filomackiej Towarzystwa Tomasza Zana, przysięgam na Boga, Ojczyznę i honor Polaka, że wszystkie sprawy organizacyjne w najgłębszej zachowam tajemnicy, że szczerym dążeniem przyczynię się, aby się wychować na dzielnego obywatela-żołnierza Polaka, przez ciągłą, niestrudzoną pracę samokształceniową duchową i cielesną. Tak mi dopomóż Bóg!”
Narzędziami Towarzystwa były wychowanie i nauka. Każdy członek przechodził trójstopniową hierarchię. Początkowo – jako promienisty – “uświadamiał sobie odrębność duszy polskiej, wyrywał ją spod wpływu germanizacyjnego”. Jeżeli “gorliwie zajmował się sprawami polskimi”, awansował na filaretę, “utrwalając podstawy narodowe i moralne (...), stopniowo przyzwyczajając się do pracy samodzielnej”. Ukończywszy dwuletni kurs i zdawszy pisemny oraz ustny egzamin, mógł zostać filomatą, by “przygotować się do przyszłej pracy obywatelskiej” w wolnej Polsce.
Praca w kołach samokształceniowych wymagała dużego zaangażowania. Statut niósł obowiązek odbywania dwóch lekcji w tygodniu oraz dodatkowych pogadanek, samodzielnego czytania literatury, pisania prac, uczestniczenia w zebraniach organizacyjnych, organizowania wycieczek krajoznawczych. Zajęcia toczyły się w 4-8 osobowych kółkach i miały wszystkie rygory klasycznej lekcji. Członkowie podlegali stałej ocenie. Kółkowy na regularnie odbywanych naradach z zarządem organizacji szczegółowo omawiał postępy członka w nauce oraz jego morale.
Działalnością Towarzystwa kierował zarząd, składający się z “urzędników”: prezesa, naczelnika filomackiego, naczelnika filareckiego, bibliotekarza, skarbnika. Co pół roku odbywało się walne zebranie. Ważnym ciałem były komisje egzaminacyjne. W skład komisji filomackiej wchodzili: prezes, naczelnik filomatów, członek działu wyższego, kółkowy. Komisję filarecką stanowili: prezes, naczelnik filaretów i kółkowy. Tworzono tajne biblioteki. Największe przed 1914 r. posiadały koła w Poznaniu – 2000 tomów, w Ostrowie i Gnieźnie – po 1500 tomów.
Pierwszy znany plan samokształceniowy, obowiązujący we wszystkich kołach całego zaboru pruskiego, pochodzi z 1899 r. Został opracowany przez związek “Czerwonej Róży”. Był bardzo ogólny. Na przerobienie całego pensum przewidywał 2 i pół roku. Z tego dla historii aż do rozbioru Polski przeznaczano półtora roku, na historię porozbiorową 1 rok, od Mickiewicza do czasów współczesnych również 1 rok. Resztę czasu można było wykorzystać na poszerzenie pewnych tematów, czy na powtórki.
TTZ prowadził działalność w warunkach głębokiej konspiracji. Statut nakazywał członkom zachowanie najwyższej ostrożności: były to zakazy gromadzenia się w miejscach publicznych, rozmów i korespondencji o związku poza kółkiem, wstępowania do organizacji niemieckich, nakazy niszczenia ocenionych prac pisemnych, cichego i spokojnego zachowania się na zajęciach. Mimo to władze szkolne i policja wykryły kilka kół. Zdekonspirowanych działaczy traktowano różnie. W Gimnazjum Chełmińskim w 1843 r. zdelegalizowano niemiecki związek burszenszafcki “Germania”, natomiast zezwolono na działalność polskiego koła samokształceniowego “Polonia”. W 1899 r. władze szkolne w Wejherowie wykryły tajne kółko literackie “Wiec” i ukarały członków czterema godzinami aresztu. Jednak zazwyczajmłodych konspiratorów karano surowo: sankcją najczęściej była relegacja z wilczym biletem, pozbawienie wolności, zakaz na całe życie podjęcia pracy w służbie państwowej, oświacie i duszpasterstwie, odebranie prawa do skróconej służby wojskowej.
W 1900 r. policja zdekonspirowała koła w Chełmnie, Brodnicy i Toruniu. Rozpoczęło się dochodzenie, zakończone procesem toruńskim, który zasięgiem śledztwa i liczbą oskarżonych ustępował jedynie procesowi filomatów wileńskich z 1823r. Oskarżono 56 uczniów gimnazjum w Chełmnie, 9 uczniów gimnazjum w Toruniu, 19 uczniów gimnazjum w Brodnicy oraz 6 kleryków Seminarium Duchownego w Pelplinie. W trakcie rozwoju śledztwa listę oskarżonych poszerzono o 22 uczniów gimnazjów w Białogardzie, Gnieźnie, Krotoszynie, Ostrowie Wielkopolskim, Rogoźnie, Śremie, Poznaniu. Ostatecznie w liczącym 84 strony akcie oskarżenia znalazły się nazwiska 60 podejrzanych. Rozprawa trwała od 9 do 12 września. 15 oskarżonych uwolniono z braku dowodów winy, 10 udzielono nagany, kilkunastu skazano na karę więzienia – od 1 dnia do 3 miesięcy. Większość oskarżonych już przed rozprawą relegowano ze szkół.
Oskarżeni spotkali się z szerokim poparciem środowiska polskiego. W trakcie śledztwa zachowali solidarność i zadziwili obserwatorów odwagą. Jeden z oskarżonych, Jan Nierzwicki, wspominał później, że czas oczekiwania na przesłuchania młodzież wypełniała śpiewem. “Cośmy jedną pieśń skończyli, rozpoczęła się druga. Najczęściej powtarzaliśmy Mickiewiczowskie Pękły nasze kajdany. Inny oskarżony, Marian Karczyński, po latach opowiadał: “Pamiętam to śledztwo w tutejszym sądzie w dniu 1 II 1901 r., gdy nas kleryków zamknięto osobno i godzinami męczono badaniem, a uczniów gimnazjum zgromadzono w sąsiedniej sali pod kluczem. I do grobu wezmę moje serdeczne wspomnienie, gdy z sąsiedniej sali do naszych uszu dochodziły głosy młodzieży gimnazjalnej, śpiewającej Z dymem pożarów, Boże coś Polskę i Nie dbam jaka spadnie kara.
Po ogłoszeniu wyroku obrońcy oskarżonych wnieśli apelację do Najwyższego Sądu w Lipsku, lecz 4 kwietnia 1902 r. została ona odrzucona. Oskarżonym pozostała jeszcze możliwość zwrócenia się z prośbą o ułaskawienie do Wilhelma II. Z prawa tego nie skorzystali, natomiast zamieścili w polskiej prasie znamienne oświadczenie:

“Koledzy! Po odrzuceniu rewizji, wniesionej przez nas przeciwko wyrokowi sądu toruńskiego, pojawiła się w gazetach pogłoska, że zamierzamy wnieść prośbę o ułaskawienie. Pogłoska ta zniewala nas do skreślenia następujących uwag. Prośba o ułaskawienie byłaby przyznaniem się do winy, błaganiem o przebaczenie, byłaby upokorzeniem się w całym tego słowa znaczeniu. My zaś nie poczuwamy się do żadnej winy. Ucząc się bowiem polskiego języka, polskiej historii i polskiej literatury, spełnialiśmy jedynie nasz święty obowiązek. Wobec tego możemy tylko powiedzieć, że nie pojmujemy i nie pojmiemy nigdy, dlaczego sądy uznały nasze postępowanie za karygodne – ale nie możemy uznać, żeśmy zawinili. Każdy przyzna, że w tych okolicznościach stawienie wniosku o ułaskawienie ubliżałoby naszej godności, poniżałoby nas w oczach własnych i w oczach każdego człowieka z charakterem. Nie prośmy zatem o łaskę, lecz pokażmy, że umiemy z godnością cierpieć za spełnienie obowiązku.”